細胞、組織的破碎與均質是超音波細胞破碎機最常見的應用，輸出之超音波能量的大小、探頭尺寸、樣品處理時間等參數更緊密影響破碎效果的好與壞。對於較脆弱的細胞，應採用較低的振幅(強度)，防止胞器的受損及酵素的降解。相反地，對於較堅韌的細胞(如大腸桿菌、酵母、藻類、心臟/皮膚組織等)，適當調高振幅(強度)有助於提高破碎效率。

超音波細胞破碎機的探頭尺寸，取決於要處理的樣品體積範圍。每個探針都有建議的樣品體積範圍，選擇合適尺寸的探針非常重要。請參閱下表，例如，1/2"探針可以處理大約20-250ml。但根據使用容器的尺寸和形狀，1/2"探頭有可能難以觸及樣品，微量探針可能是更好的選擇。因此選擇探頭時，樣品容器的大小和形狀也是另一個考量因素。

在處理小體積樣品(小於50ml)時，一般建議使用微量探針。但也要留意探頭工作產生的熱能，因此以脈衝模式運作，可以防止熱能在樣品中聚積而導致樣品變質。相反地，較大的樣品體積需要更大的探頭才能進行有效處理。使用合適尺寸的探頭不僅可以縮短處理時間，還可以延長探頭的使用壽命。

更多細胞破碎及均質應用文獻：

1. HEK 293T Lysis with Q700        檔案名稱：HEK 293T Lysis with Q700.pdf
2. E. Coli Lysis with Q500           檔案名稱：E. Coli Lysis with Q500.pdf
3. E. Coli Lysis with Q125           檔案名稱：E. Coli Lysis with Q125.pdf
4. P. Furiosus Lysis with Q55         檔案名稱：P. Furiosus Lysis with Q55.pdf